1985年に発売されて人気を博したファミリーコンピュータ用アクションゲーム「忍者じゃじゃ丸くん」を実写映画化。田舎にある忍者の里。次期当主を決めるため行われたじゃじゃ丸と影丸の対決は、影丸が勝利した。しかし、当主にはじゃじゃ丸が選ばれ、影丸は不満を募らせる。そんな折、じゃじゃ丸の引きこもりの兄が、じゃじゃ丸を連れて秋葉原へと遁走。兄弟は、暴力団「愚郎会」の地上げに合っている渡辺家に身を寄せる。渡辺家の娘さくらにひかれるじゃじゃ丸は、愚郎会から渡辺一家を守ろうとするが、影丸を味方に引き入れた愚郎会が、さくらを人質にとり土地の権利書との交換を迫ってくる。